Zuniga urodziła się w San Francisco w Kalifornii jako córka Agnes A. Zunigi (z domu Janawicz) i Joaquina Alberto Zunigi Mazariegos. Jej matka jest unitarianką, pochodzenia polskiego i fińskiego, a ojciec, pochodzący z Gwatemali, był emerytowanym profesorem filozofii na California State University w East Bay. Zuniga ma dwie siostry: Jennifer Zunigę i Rosario Zúñigę. Jako nastolatka Zuniga zainteresowała się aktorstwem i wzięła udział w programie Young Conservatory w American Conservatory Theatre w San Francisco. Po rozwodzie rodziców Zuniga przeprowadziła się z matką i siostrą z Berkeley w Kalifornii do Reading w stanie Vermont, gdzie spędziła resztę swoich nastoletnich lat. Zuniga ukończyła Woodstock Union High School w Woodstock w stanie Vermont w 1980 roku, po czym wróciła do Kalifornii i rozpoczęła studia na Uniwersytecie Kalifornijskim w Los Angeles, aby studiować sztuki teatralne. Po ukończeniu college`u Zuniga była bliską przyjaciółką i współlokatorką innej aktorki Meg Ryan. Zuniga zadebiutowała w filmie drugoplanową rolą w slasherze The Dorm That Dripped Blood (1982), będąc studentką Uniwersytetu Kalifornijskiego w Los Angeles. Następnie zagrała w horrorze The Initiation (1984) z 1984 roku, u boku Very Miles i Clu Gulagera. Następnie zagrała główną rolę, u boku Johna Cusacka, w filmie Roba Reinera Pewna rzecz (1985). W 1986 roku zagrała księżniczkę Vespę w pamiętnej kultowej komedii Mela Brooksa Spaceballs (1987), a następnie zagrała drugoplanową rolę w kontynuacji horroru science fiction The Fly II (1989). W latach 1992–1996 Zuniga grała Jo Reynolds w niezwykle popularnej telenoweli Melrose Place (1992), która przyciągnęła Zunigę szerszą uwagę głównego nurtu. Po jej roli w serialu pojawiły się liczne występy w serialach telewizyjnych, w tym główna rola Shelly Pierce w American Dreams (2004) od 2004 do 2005 oraz powracająca w popularnym serialu CW One Tree Hill (2003) jako Victoria Davis, którą grała od 2008 do 2012 roku.