Cruz poślubił aktora i reżysera Cesara Montano 14 września 2000 roku. Mają trzy córki: Angelinę Isabelle, Samantę Angelene „Sam” i Angel Franchescę „Chesca”. W 2013 roku para rozstała się, a w 2018 roku sąd miejski w Quezon unieważnił małżeństwo. W 2016 roku spotykała się z przyrodnim bratem Ary Miny, Mackym Mathayem, ale w 2022 roku przyznała się do ich rozstania. W 2024 roku biznesmen Atong Ang potwierdził, że jest w związku z Cruzem. W 2025 roku Cruz ujawniła, że ​​zdiagnozowano u niej miastenię.